O jogo é uma sequência de The Legend of Heroes: Trails of Cold Steel, onde podemos presenciar que a guerra civil atravessou Erebonia. Conseguindo realizar sua fuga de Trista, Rean retoma sua espada em uma viagem com seu Divino Cavaleiro, Valimar, em busca de seus amigos da Classe VII e uma maneira de acabar com o conflito antes que seja muito tarde.
A paz já não existe a muito tempo, os exércitos provinciais, leais à aristocracia e às Quatro Grandes Casas, reivindicaram muitas das grandes cidades da nação em nome da Nobre Aliança. O contra-ataque se inicia com o Exército Imperial, chamado todos os cavaleiros dos quatro cantos do Império para a guerra.
O jogo mantém sua jogatina que é baseado em turnos com o sistema "ARCUS" recém-desenvolvido retorna com todos os sinos e assobios, juntamente com o novo modo Overdrive, novos meios de transporte em todo o país e céu, novos aliados, novos perigos e um novo sentido renovado de esperança, enquanto Rean trabalha incansavelmente para corrigir os erros que levaram o país a ruina.
