Subnautica é um jogo de mundo subaquático aberto, e sua missão dentro do jogo é a exploração e progressão de seu personagem para sua sobrevivência.
Após pouso forçado em um oceano de um mundo alienígena, a única opção para onde ir é para baixo. No jogo há muita coisa com se preocupar, você deve gerenciar seus suprimentos de oxigênio, comida, explorar Kelp Florestas, planaltos, recifes e sistemas de cavernas sinuosas. A água está repleta de vida: algumas dessas espécies podem ser amigáveis outras nem tanto.
Construa sua base dentro do mar, você pode escolher entre vários componentes disponíveis no jogo, porém você deve construir levando tudo em conta, até mesmo a pressão do mar deve ser levada em conta para que sua base não seja amassada pela pressão.