Sneaky Ninja é um jogo de ação furtiva com elementos de plataforma em gráficos em 2D, criando assim um jogo de plataformas ligeiras com ação furtiva tática com uma gama de modos de dificuldade para um jogo casual. A pequena vila Ninja viveu pacificamente na floresta de Udon Groves por 100 anos, a vila era protegida pela magia dos espíritos contra o exército guerreiro Samurai. Em um belo dia, a magia dos espíritos começou a desaparecer misteriosamente e os Samurais invadiram e começaram a atacar a vila e sequestrar os moradores. Agora, você na pele de Taro e seus companheiros ninjas, terá que partir em uma jornada para restaurar o poder aos espíritos, derrotar o exército samurais e resgar os moradores.
Podemos escolhe entre 4 personagens: Taro, Kaida, Shoji e Miyu. Cada um desses ninjas possui habilidades únicas como Ato de Fuga, Foco, Camuflagem e Armadilha, cada uma delas adaptadas para diferentes estilos de jogo. Una-se as sombras e use suas habilidades e ferramentas ninjas para encarar e derrotar os Samurais.