De Volta para o Futuro: 1999, coloca os jogadores no último dia desse ano, onde uma "tempestade" caiu no céu, onde diversas pessoas e edifícios começaram a se dissolver na chuva, e o mundo entrou em uma nova era. Todos, exceto você, acabaram por desaparecer após a erosão da tempestade, num mundo onde humanos e ocultistas coexistem, existe um grupo chamado "Hands of Reshaping", cuja missão é restaurar a glória do ocultismo e eles estão ligados com o nascimento de "Heavy Rain".
Wilding será seu personagem, ele foi apontado como "Si Chen", testemunha da Era do Cronometrista pela organização St. Ela, que viajou pelas mudanças dos tempos causadas pela tempestade, ao lado do seu assistente Sonnet à procura de outros parceiros místicos de diferentes épocas e países.
Sua missão é descobrir toda verdade, usando sua experiência de vida, para encontrar o propósito da organização, e os mistérios que estão por trás dessa cortina de chuva. Viaje ao passado, por um tempo muito antes da chuva, superando a própria história, divido em 3 atos e 5 cenas da época apresentados em sequência.
Para acabar com essa organização e impedir que seus planos destruam o futuro, os jogadores precisam lidar com os diversos meios que os ocultistas usavam para propagar seus ideais. Eles usam de pessoas, como rádios, televisões, espantalhos ou satélites artificiais.
