Os jogadores acordam em uma ilha estranha, e se deparam com um monstro fofo que está disposto a segui-lo para se tornar o treinador de monstros. Esta maravilhosa terra é chamada "Negamon", um mundo que inclui um grupo de ilhas de bolso, com seus 3 elementos principais: planta, fogo e água. Usando esses elementos criou-se muitos monstros fofos, que podem ser domados e usados para se tornar uma lenda.
Conte com seus novos amigos para ganhar mais recompensas, iremos encontrar diversos tipos de monstrinhos, desde teimosos, fortes e ansiosos para lutar. Pegando todos esses monstros com suas bolas especiarias, eles irão apoiá-lo em seu caminho para ser um mestre do mundo Negamon.
Realize diversas missões para conseguir recursos que serão muito úteis em sua jornada, saia para encontrar monstros e capturá-los. Em sua jornada, vamos encontrar outros jogadores e desafiá-los para batalhas esterilizantes com seus monstros. Use os diversos ataques de seu companheiro, de forma que derrote o outro treinador.
Mova seu personagem por um mundo aberto, repleto de desafios, monstrinhos para capturar e muitos outros jogadores para torná-lo mais forte. Escolha um monstro para lutar e pegar novos elementos, escolha seu time de forma táticas, pois cada elemento tem sua vantagem e desvantagem sobre os outros. Colete itens para alimentar seus amiguinhos e atualizá-los, criando o time mais poderoso de todos.
