Framed by the Yakuza é um jogo que narra uma história interativa, onde você vai assumir o papel da protagonista e se comunicar com os demais personagens, descobrindo cada dia mais as respostas para todas suas perguntas. Finalmente, você está livre! Depois de vários longos anos na prisão, você foi solto por bom comportamento. Já estava na hora, já que você era inocente desde o início.
Seus amigos tentaram te avisar para ficar longe do submundo do crime, sempre tentando seguir uma vida honesta ao lado de sua irmã. Mas uma descoberta que mudou completamente sua visão sobre tudo que está acontecendo irá mudar o rumo da história. A partir de agora você deve sair em busca de interagir com outros personagens e encontrar todas as respostas para as dúvidas que não desaparecem.
Alguns personagens principais irão aparecer ao longo de sua jornada de aventuras, sendo que cada um deles possui um papel importante na mesma, e você deve conversar com todos e descobrir quais são suas reais intensões.