Defenders of Ekron transforma a história e jogatina de um jogo de aventura misturado com uma mecânica repleta de ação de um shoot-em-up. Nessa jornada, você terá que destruir os inimigos em um alcance de 360º, analisar cada detalhe de cenários únicos, atualizar as habilidades do Anakim e vencer os Renegados para impedir o começo uma guerra civil que ameaça a Ekron.
Você assumirá o papel de Eneas, um jovem cadete do Petra Martial Institute que treinou sua vida inteira para pilotar seu Anakim, um mech avançado capaz de absorver a energia ao seu redor e transforma-la em uma habilidade especial, chamada Isvará. Durante seu exame de recrutamento para se tornar um piloto, algo dá errado e ele não consegue desenvolver a Isvará. Dessa forma, ele é forçado a se juntar a um programa experimental para enfrentar um grupo de pilotos Anakim desonestos, os Renegados, que estão ameaçando destruir a nação através da guerra.
Sua missão agora é defender a República Tecnocrática de Ekron, mas seja cauteloso, pois os segredos obscuros o esperam e os limites Entre certo e errado, desaparecerá lentamente. Chegará um momento onde não haverá mais regra, e você terá que ouvir seus instintos, porque a revolução começará de dentro de você.