Em um futuro que a humanidade vive em Arks no céu desde que toda a superfície do planeta foi tornada completamente inabitável, a causa disto foi um surto de criaturas alienígenas que surgiu do núcleo do planeta.
Um recente e terrível ataque alienígena deixou uma Arca destruída e você juntamente com outros cidadãos da Ark são encarregados de cuidar dos sobreviventes desse ataque. Um dos cidadãos inclui uma pequena menina encontrada na superfície da Terra.
Em Ciel Fledge você precisa desvendar a história em torno do planeta, ajudar a humanidade e encontrar um novo companheiro enquanto faz o seu caminho. Tente descobrir o que será da humanidade no período de 10 anos neste jogo.
